Духовно-рыцарский орден Меченосцев, вдохнувший дух Крестовых походов и свой статут и знаки власти получивший от самого папы Римского, стал основным крестителем Ливонии, стремившемся присоединить её к Германской империи (Священной Римской империи). В 1198 назначенный епископом Ливонским Альберт фон Бюкшовден в 1200 приплыл из Любека в Ригу, где основал центр епископства. Через два года был основан орден Меченосцев - организация, объединившая немецких, больше всего вестфальских, рыцарей. Первые годы пребывания Альберта и рыцарей хорошо известны, благодаря хроники одного священника, Генриха Латвийского (Ливонского). Война в Ливонии и Эстонии длилась около 20 лет и закончилась разделением власти между меченосцами и Данией. Управляемая своими правителями-язычниками, Литва удержалась, и позже, когда литовцы разбили Орден, его остатки присоединились к Тевтонскому ордену, вернувшемуся со Святой земли. У тевтонцев были более амбициозные планы, нежели у меченосцев. В 1215 на Латеранском собрании папа Римский Иннокентий III объявил Ливонию и Прибалтику (вместе с Палестиной) "землёй Марии", целью миссионерской деятельности. Имя Ливонии закрепилось за этой территорией на долгое время, названия Латвия и Эстония появились гораздо позже.

Одной из причин, по которой завоеватели Ливонии обратились к насилию, была та, что Русь и восточная церковь стремились усилить влияние Новгорода и Пскова на Прибалтику. Восточные соседи давно брали дань у балтийских племён и финнов, но первые походы в XII веке дали возможность укрепиться в этих землях на более длительное время, обосновывая это крещением язычников. В конце века, когда в эти края стали проникать немцы, начались бесконечные войны, и крепость Юрьев, основанная русскими, затем захваченная у них, снова попала в их руки. Некоторые эстонские племена решили воевать вместе с русскими против немцев, другие - ливонцы и латыши - решили связать свою судьбу с немцами.

Больше, чем за сто лет со времени прибытия Альберта, архидиоцез Бременский послал на север миссионеров; примерно в 1070 "Балтийским островам", Эстонии и Финляндии он даже назначил епископа. Когда было основано епископство Лундское, поспешили действовать и датчане: они крестили язычников на восточном побережье. Позже присоединилось и епископство Упсальское, пославшее миссионеров в Финляндию.

Примерно в 1200 немецкий военный Орден и диоцез Рижский, подвластный Бремену, организовали в Ливонии постоянный плацдарм. В то же время развеялись надежды Швеции захватить о. Эзель (Сааремаа), а экспедиция датчан увенчалась успехом - они завоевали Северную Ливонию, т.е. Эстонию. В 1219 датчане здесь основали военный аванпост, после Линданисе-Ревельской битвы, в которой войско короля Вальдемара II Победителя, ободрённая появившимся в небе заветным крестом, разгромила эстонцев. Позже этот крест был добавлен во флаг Дании - Даннеборг. Место было названо Таллин, по-эстонски это означает "датский форт". Много столетий этот город в честь памяти деревни Ревель по-немецки, -датски, -шведски назывался Ревелем. Финны его называли Таллинна, хотя и употреблялось название Реевели. [в Ливонских хрониках город назывался Линданисе]

Кроме рыцарских земель в Ливонии и Эстонии были земли, принадлежавшие диоцезам и городам. Все церковные структуры и города возглавляли жители немецкого происхождения, которых постоянно пополняли новые выходцы. В 1207 Ливония была признана провинцией Германской империи, в 1225 - маркграфством, а епископу Рижскому был пожалован титул князя Германской империи. В начале Ливонию и Эстонию с Данией и Германией связывали прямые морские пути, позже ограничились связями с городами, обладавшими духовной, торговой и военной властью, - Бременом, Любеком и Мариенбургом. Сухопутным связям мешала Литва, а затем Польско-Литовский союз.