В 13 в. Орден воевал с мусульманами в Палестине. При поддержке папы Римского и императора "Священной Римской империи" Орден приобрёл ряд земель в Малой Азии, Южной Европе и особенно много в Германии. В 1211 Орден был приглашён в Венгрию защищать Трансильванию от половцев. В 1224 - 1225 из-за стремления создать своё отдельное государство на территории Венгрии Орден был выгнан венгерским королём Эндре II. По соглашениям 1226-1230 с мазовским князем Конрадом Орден получил в своё владение Кульмскую (Хелменьскую) и Добжинскую (Добрыньскую) земли и право расширять своё влияние на соседние земли. Право управлять захваченными литовскими и прусскими землями подтвердили в 1234 папа Римский Григорий IX и в 1226, 1245, 1337 императоры Фридрих II и Людвиг IV. В 1230 первые части Ордена, 100 рыцарей под командыванием магистра Германна фон Балка, построили на Кульмской земле замок Нешаву и начали нападать на пруссов (см. война пруссов и крестоносцев 1231 - 1274). С 4-го десятилетия 13 в. Орден был главным организатором и исполнителем Крестовых походов в Восточную Прибалтику, объявленных папой Римским (см. Крестовые войны в Прибалтике 12 - 14 вв.). В 1237 после битвы при Сауле к ордену был присоеденён орден Меченосцев, реорганизованный в Ливонский орден. Ландмейстера (см. структуру) Ливонии назначал гроссмейстер. До 1283 Орден при помощи немецких, польских и др. феодалов захватил земли пруссов, йотвингов, западных литовцев и занял территории до Немана. Прусские восстания 1242 - 1249, 1260 - 1274 были подавлены. На захваченных территориях в 13 в. образовалось немецкое теократическое феодальное государство. Столицей Ордена была Акра, пока её в 1291 не перенесли в Венецию. Столицей и резиденцией гроссмейстера в 1309 - 1466 являлся город Мариенбург. 2/3 земель были разбиты на комтурии, 1/3 находились под властью епископов кульмского, памедского, сембского и вармского. В 1231 - 1242 было построено 40 каменных замков. Около замков (Эльбинга, Кёнигсберга, Кульма, Торна) образовывались немецкие города - члены Ганзы.

С 1283 под предлогом распространения христианства Орден стал нападать на Литву. Он стремился захватить Жемайтию и земли у Немана, чтобы соединить Пруссию и Ливонию. Опорными пунктами агрессии Ордена были расположенные у Немана замки Рагнит, Христмемель, Байербург, Мариенбург и Юргенбург. Велёна, Каунас и Гродно были центрами литовской защиты. До начала 14 в. обе стороны организовывали небольшие нападения друг на друга. Крупнейшими битвами были Медининкская битва (1320) и оборона Пиленай (1336). Опустошённые литовские земли становились т.н. дикрой. Орден также нападал на Польшу. В 1308 - 1309 было захвачено Восточное Поморье с Данцигом, 1329 - Добжинские земли, 1332 - Куявия. В 1328 Ливонский орден передал Тевтонсому Мемель и его окрестности. В 1343 по Калишскому договору орден вернул Польше захваченные земли (кроме Поморья) и сосредоточил все свои силы на борьбе с Литвой. В 1346 Орден приобрёл у Дании Северную Эстонию и передал её Ливонскому ордену.

Наибольшей силы Орден достиг в середине 14 в. во время правления Винриха фон Книпроде (1351 - 1382). Орден совершил около 70 крупных походов в Литву из Пруссии и около 30 из Ливонии. В 1362 его войско разрушило Каунасский замок, а в 1365 впервые напало на столицу Литвы Вильнюс. В 1348 состоялась большая битва у Стревы. В 1360 - 1380 крупные походы на Литву совершались каждый год. Литовское войско совершило в 1345 - 1377 около 40 ответных походов, один из них закончился битвой у Рудавы (1370). После смерти Альгирдаса (1377) Орден разжигал войну между его наследником Йогайлой и Кестутисом с его сыном Витаутасом (Витовт) за княжеский трон. Поддерживая то Витаутаса, то Йогайлу, особенно сильно нападал Орден на Литву в 1383 - 1394, в 1390 вторгся в Вильнюс. За мир с Орденом в 1382 Йогайла и в 1384 Витаутас отказались от Западной Литвы и Занеманья. Орден ещё больше усилился, заняв в 1398 остров Готланд (до 1411) и в 1402 - 1455 Новую Марку. Против агрессии Ордена Литва и Польша в 1385 заключили Кревский договор, который менял соотношение сил в регионе не в пользу Ордена. После крещения в 1387 Литвы (Аукштайтии) Орден потерял формальную основу для нападения на Литву. По Салинскому договору 1398 Витаутас отдал Ордену земли до Невежиса. В 1401 восставшие жемайтийцы выгнали со своих земель немецких рыцарей, и Орден снова начал нападать на Литву. В 1403 папа Римский Банифаций IX запретил Ордену воевать с Литвой. C 1404 по Рационжскому договору Орден вместе с Польшей и Литвой управлял Жемайтией. В 1409 жемайтийцы восстали. Восстание послужило поводом для новой решающей войны (1409 - 1410) с Литвой и Польшей. Орден проиграл т.н. "Великую войну" в Грюнвальдской битве; Торуньский мир и Мельнский мир обязали Орден вернуть Литве Жемайтию и часть земель йотвингов (Занеманье).

Неудачные войны (с Литвой и Польшей в 1414, 1422, с Польшей и Чехией в 1431 - 1433) спровоцировали политический и экономический кризис, обострились противоречия между членами Ордена с одной стороны, светскими феодалами и горожанами, недовольными возроставшими налогами и хотевшими учавствовать в управлении государством, с другой. В 1440 был образован Прусский союз - организация светских рыцарей и горожан, боровшаяся против власти Ордена. В феврале 1454 союз организовал восстание и объявил, что все прусские земли будут находится отныне под покровительством польского короля Казимира. Из-за этого началась Тринадцатилетняя война Ордена с Польшей. В итоге Орден лишился Восточного Поморья с Данцигом, Кульмской земели, Мириенбурга, Эльбинга, Вармии - они отошли к Польше. В 1466 столица была перенесена в Кёнигсберг. В этой войне Литва объявила нейтралитет и упустила шанс освободить остальные литовские и прусские земли. В 1470 гроссмейстер Генрих фон Рихтенберг признал себя вассалом польского короля. Стремление Ордена освободиться от польского сюзеренитета потерпели поражение (из-за этого произошла война 1521 - 1522).

В 20-30-х 16 в. во время начавшеяся реформации в Германии гроссмейстер Альбрехт Гогенцоллерн со множеством братьев перешёл из католичества в лютеранство. Он секуляризовал Тевтонский орден, объявив его территорию своим наследственным княжеством, которое получило название Пруссия. 10 апреля 1525 Альбрехт признал своим вассалом польского короля Сигизмунда Старого. Тевтонский орден прекратил своё существование как самостоятельное государство. В ходе Ливонской войны прекратил существование и Ливонский орден. Владения Ордена, разбросанные в Германии, были секуляризованы в начале 19 в. В 1809 Наполеон вообще закрыл Орден. В 1834 он был восстановлен в Австрии и по статуту 1929 стал религиозной организацией (центр - Вена).